学院下设的四个系分别是：食品科学与工程系、食品生物技术系和营养与食品安全系、葡萄酒学院；七个中心（重点实验室）分别是：农业部农产品质量监督检验检测中心（北京）、农业部转基因生物食用安全监督检验检测中心（北京）、教育部、北京市（共建）功能乳品重点实验室、教育部果蔬加工工程研究中心、葡萄与葡萄酒研究中心、中日农产品加工研究中心、食品技术服务中心。