留驻南京：

1文学院,理学院--南京大学

2工学院部分院系--南京工学院--东南大学

3工学院水利系--河海大学

4工学院化工系--南京化工学院--南京化工大学--南京工业大学

5师范学院--南京师范大学

6农学院--南京农业大学

7农学院林学系--南京林业大学

8南京大学气象工程系--南京气象学院--南京信息工程大学

外迁：

9商学院--上海财经大学

10工学院航空系--华东航空学院--西北工业大学（西安）

11医学院--第五军医大学--第四军医大学

12工学院食品工程系--无锡轻工业学院--无锡轻工业大学--江南大学（无锡）

13工学院农业机械系--江苏工学院--江苏理工大学--江苏大学（镇江）

14法学院--华东政法学院--华东政法大学（上海）

15中科院心理研究所

16金陵大学影音部---中央电影学校---北京电影学院

17中央大学医学院－－上海医学院－－上海医科大学－－复旦大学医学院

18工学院电子工程系有线电部分－－成都电讯工程学院－－电子科技大学（成都）

19国立中央大学音乐学院－－中央音乐学院