为适应21世纪宗教学研究，促进高校人文社会科学发展，南京大学于2000年5月21日成立宗教学系,与哲学系实行两块牌子、一套人马的运行机制，由哲学系主任徐小跃教授任宗教学系主任。随着宗教问题在21世纪国际国内事务中的重要性不断上升，以科学的世界观加强对宗教文化的研究越来越成为加强学科建设、人才培养的迫切课题。近年来我校利用多学科交叉发展和金陵古城悠久浓厚的宗教历史文化资源的优势，集中了一批国内高水平学者对宗教问题开展研究，赖永海、徐小跃、洪修平、伍贻业、吴为山等教授主持的佛教、基督教、伊斯兰教、民间宗教、宗教艺术研究在国内外产生了重要影响。目前已形成本科生、硕士生、博士生的宗教学人才培养体系，一批宗教学方向的毕业生在国家宗教管理部门已成为骨干力量。新成立的宗教学系将以南大哲学系为依托，以马克思主义的宗教思想为指导，培养适应社会需求的宗教文化研究人才，在科研方面将以课题招标的方式，组织国内外一流专家承担重大课题，出版一批宗教学理论和宗教文化研究论著。在成立大会上，丁光训、任继愈、季羡林等一批国内外、宗教界内外人士受聘为我校宗教学系首席顾问，共同参与宗教学系学科建设与发展，促进国际学术交流。