工程项目组织的基本原则是：目标统一原则、权责利平衡、适用性和灵活性原则、组织制衡原则、保证组织人员和责任的连续性和统一性、管理跨度与管理层次、合理授权。

工程项目的业主、承包商、设计单位、材料设备供应单位都有自己的工程项目管理组织，这些组织之间存在各种联系，有各种管理工作、责任和任务的划分，形成工程项目总体的管理组织系统。

这种组织系统和工程项目组织存在一致性，故一般情况下并不明确区分工程项目组织和工程项目管理组织，而将其视为同一个系统。

运行管理：

（1）成立项目经理部。

（2）确定项目经理的工作目标。

（3）明确和商定项目经理部门中的人员安排，宣布对项目经理部成员的授权，明确职权使用的限制和有关问题，制定工程项目管理工作任务分配表。

（4）项目经理积极参与解决工程项目管理的具体问题，建立并维持积极、有利的工作环境和工作作风。

（5）建立有效的沟通系统和成员之间的相互依赖和相互协作关系。

（6）维持相对稳定的工程项目管理组织机构。

（7）建立完整的工程项目管理人员的招聘、安置、报酬和福利、培训、提升、绩效评价计划与制定。