微生物的代谢调节主要有两种方式：酶合成的调节和酶活性的调节。

1.酶合成的调节：微生物细胞内的酶可以分为组成酶和诱导酶两类，组成酶时微生物细胞内一直存在的酶，它们的合成只受遗传物质的控制，而诱导酶则时在环境中存在某种物质的情况下才能够合成的酶。

2.酶活性的调节：微生物能够通过改变已有酶的催化活性来调节代谢的速率，酶活性发生主要原因时，代谢过程中产生的物质与酶结合，致使酶的结构产生变化，这种调节现象在核苷酸、维生素的合成代谢中十分普遍。