一国两制港人治港，澳人治澳，高度自治

一国两制下的特别行政区政府以特别行政区基本法为管理法律，都是行政主导的政府（而非三权分立），有西方管治背景的港澳两特区的主要官员与官署的设计有重合的地方，如廉政公署、审计署、终审法院和民政总署。但是两个特区政府也有不一样的地方，主要体现在基於传统的政府架构保留（香港政府是三司，澳门政府则是五司而职能方面只相当於香港司长辖下各局）、回归前後的法律体系不同（澳门为欧洲大陆法，香港为英国普通法）、澳门没有高等法院（由回归前获得终审权的高等法院改为终审法院）和澳门基本法是以香港基本法为蓝本的修订版本，避免了很多宪制法律中的问题与漏洞（参见外佣居港权争议），因为香港和澳门两地制度各有不同。

根据基本法特别行政区政府管有自身的立法权、行政管理权、独立的司法权和终审权，保安事务由特区自行处理，经济制度为之前实行的资本主义而非共产主义，外交和国防由中央负责，对外事务由中央授权特区处理。