自家小院打井是不违法的。在自己家小院打井，只要不影响到邻居的房屋安全，或超出了宅基地范围面积，仅做吃水用，是不违法的，但要作为商业用途，需办理合法的手续。水资源属于国家所有，即全民所有。农业集体经济组织所有的水塘、水库中的水，属于集体所有。开采地下水必须在水资源调查评价的基础上，实行统一规划，加强监督管理。也就是说未经许可不得私自开采地下水。违反水法规定取水、截水、阻水、排水，给他人造成妨碍或者损失的，应当停止侵害，排除妨碍，赔偿损失。