法律分析：证据不足的案件的处理方式如下：

1、审查起诉阶段的，应当作不起诉决定；

2、一审阶段的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决；

3、二审阶段的，可以在查清事实后改判；也可以裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。

法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》

第一百七十五条对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

第二百条在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。